內容簡介
生命是一個復雜的過程,“DNA-RNA-蛋白質”這一中心法則不能解釋所有生命現象。錶觀遺傳學是在這些例外的基礎之上發展而成的,是基於非基因序列改變所緻基因錶達水平變化,如DNA甲基化和染色質重塑等。錶觀遺傳學已經部分顛覆瞭我們對生物結構和行為方式的理解。《錶觀遺傳學技術前沿》共分為七篇,主要內容涵蓋DNA甲基化、組蛋自修飾、miRNA調控研究前沿和實驗技術。在主要闡述瞭錶觀遺傳學的基本知識的基礎上,結閤本領域國內外新科研成果,係統總結介紹瞭當前錶觀遺傳學領域的前沿進展和新研究方法。
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目錄
第一篇 錶觀遺傳學概述及分析方法
第一章 錶觀遺傳學概述
第二章 DNA甲基化分析方法
第三章 組蛋白修飾分析方法
第四章 非編碼RNA相關分析方法
第二篇 基因錶達檢測
第五章 基因錶達檢測概述
第六章 基因錶達檢測方法
第一節 RT-PCR技術
第二節 熒光定量PCR技術
第三節 原位雜交技術
第四節 定點突變技術
第五節 基因芯片
第六節 啓動子區活性分析
第三篇 miRNA檢測技術
第七章 miRNA概述
第八章 miRNA檢測技術概述
第一節 生物信息學
第二節 miRNA芯片技術
第三節 熒光定量PCR技術檢測miRNA
第四節 熒光素酶活性檢測技術
第九章 miRNA分析的應用
第四篇 蛋白質檢測技術
第十章 蛋白檢測概述
第十一章 蛋白檢測技術概要
第一節 蛋白芯片技術
第二節 蛋白印跡技術
第三節 免疫熒光技術
第四節 免疫組化技術
第五節 ELISA技術
第六節 激光共聚焦技術
第五篇 DNA甲基化與組蛋白修飾檢測
第十二章 DNA甲基化與組蛋白修飾概述
第十三章 DNA甲基化與組蛋白修飾方法概述
第一節 生物信息學分析
第二節 DNA甲基化檢測——MSP法
第三節 DNA甲基化檢測——焦磷酸測序法
第四節 DNA甲基化檢測——DNA甲基化芯片技術
第五節 DNA甲基化檢測——質譜技術
第六節 組蛋白甲基化檢測
第七節 組蛋白乙酰化檢測
第八節 組蛋白糖基化檢測
第九節 組蛋白泛素化檢測
第十節 組蛋白甲基化和組蛋白乙酰化位點特異性分析
第六篇 基因與蛋白相互作用檢測
第十四章 基因與蛋白相互作用檢測概述
第十五章 基因與蛋白相互作用檢測方法概述
第一節 生物信息學時代
第二節 ChIP技術
第三節 DNaseⅠ足跡實驗
第四節 甲基化乾擾試驗
第五節 電泳遷移率變動實驗
第六節 Southern印跡雜交
第七節 錶麵等離子共振
第八節 酵母單雜交係統
第九節 噬菌體展示技術
第十節 核酸適體技術
第十一節 拉下實驗
第七篇 蛋白質與蛋白質相互作用
第十六章 蛋白與蛋白相互作用概述
第十七章 蛋白與蛋白相互作用檢測方法概述
第一節 生物信息學軟件預測
第二節 染色質免疫共沉澱
第三節 印跡疊加或Far-Westem印跡
第四節 GST融閤蛋白純化技術
第五節 羥基蛋白質足跡法
第六節 細菌雙雜交係統
第七節 酵母雙雜交技術
第十八章 蛋白質與蛋白質相互作用應用
參考文獻
《錶觀遺傳學技術前沿》 內容簡介 《錶觀遺傳學技術前沿》是一部深入探討錶觀遺傳學研究領域最新技術進展的權威著作。本書聚焦於推動錶觀遺傳學跨越式發展的關鍵方法學,為科研人員、臨床醫生以及對生命科學前沿充滿好奇的讀者提供瞭係統、前瞻性的知識框架。 本書共分為三大核心篇章,層層遞進地揭示瞭錶觀遺傳學研究的廣度和深度。 第一篇: DNA甲基化與去甲基化的前沿技術 DNA甲基化作為最經典的錶觀遺傳學標記,其檢測和分析技術在不斷革新。本篇首先迴顧瞭經典的DNA甲基化分析方法,如亞硫酸氫鹽測序(Bisulfite Sequencing),並重點闡述瞭近年來湧現的新型高通量、高精度技術。 單細胞DNA甲基化測序(sc-DNA methylation sequencing): 突破瞭組織層麵平均化的限製,實現瞭對單個細胞DNA甲基化的全基因組分析,為理解細胞異質性、發育過程中的動態變化以及腫瘤微環境中的錶觀遺傳調控提供瞭前所未有的視角。本書將詳細介紹其原理、實驗流程、數據分析策略及其在疾病診斷和治療中的潛在應用。 靶嚮DNA甲基化測序(Targeted DNA methylation sequencing): 針對特定基因或區域進行高深度的甲基化分析,能夠有效降低成本,提高效率,尤其適用於驗證性研究和大規模隊列研究。書中將探討多種靶嚮測序策略,包括基於PCR的擴增方法和CRISPR-Cas9介導的靶嚮富集技術。 長讀長DNA甲基化測序(Long-read DNA methylation sequencing): 結閤PacBio、Oxford Nanopore等長讀長測序技術的優勢,實現瞭在單分子水平上同時檢測DNA序列和甲基化狀態,能夠解決短讀長測序難以跨越的重復區域和復雜的基因組結構問題,為全基因組甲基化圖譜的繪製提供瞭可能。 非亞硫酸氫鹽依賴性甲基化檢測技術: 隨著研究的深入,一些無需亞硫酸氫鹽處理的新型技術應運而生,它們在簡化實驗流程、減少DNA損傷方麵具有顯著優勢,如化學修飾酶法、酶切法等。本書將對這些新興技術進行詳細的介紹和比較。 在DNA去甲基化方麵,本書也將探討相關技術的最新進展,包括去甲基化酶的活性檢測、去甲基化通路的研究方法等。 第二篇:組蛋白修飾與染色質可及性的精準解析 組蛋白修飾是影響基因轉錄活性的關鍵因素,而染色質的可及性則決定瞭轉錄因子和調控元件能否結閤DNA。本篇將深入剖析一係列尖端技術,用於精準解析組蛋白修飾和染色質結構。 ChIP-seq(Chromatin Immunoprecipitation Sequencing)的優化與發展: 在經典ChIP-seq技術的基礎上,本書將介紹如何通過改進抗體質量、優化實驗條件、開發新型富集策略(如ATAC-seq、CUT&RUN、CUT&Tag等)來提高實驗的靈敏度、特異性和分辨率。 ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing): 一種無需抗體即可檢測開放染色質區域的技術,具有實驗簡便、細胞用量少等優點,在單細胞水平上的應用也日益廣泛。 CUT&RUN(Cleavage Under Targets and Release Using Nuclease)與 CUT&Tag(Cleavage Under Targets and Tagmentation): 這些技術利用瞭特定的酶(如MNase、T7 DNA聚閤酶)將識彆的DNA片段釋放或標記,可以實現比ChIP-seq更高的信號噪聲比和更低的背景,尤其適用於稀有細胞群體的研究。 單細胞組蛋白修飾與染色質可及性分析: 緊隨單細胞技術的熱潮,本書將詳細介紹如何運用單細胞ATAC-seq(scATAC-seq)、單細胞ChIP-seq(scChIP-seq)等技術,揭示細胞群體內的錶觀遺傳異質性,追蹤細胞譜係發育過程中染色質狀態的動態變化。 Hi-C及相關技術在染色質三維結構研究中的應用: 染色質的三維構象對其基因調控功能至關重要。本書將介紹Hi-C技術及其衍生技術(如TAD-seq、PLAC-seq等),用於繪製全基因組的染色質接觸圖譜,並結閤組蛋白修飾和DNA甲基化數據,深入理解基因調控區域(如增強子、啓動子)的相互作用以及三維基因組結構的改變如何影響基因錶達。 新興的組蛋白修飾譜檢測技術: 除瞭常用的ChIP-seq,本書還將介紹一些能夠同時檢測多種組蛋白修飾的方法,以及用於鑒定新型組蛋白修飾的策略。 第三篇: RNA錶觀遺傳學與非編碼RNA的調控機製 RNA錶觀遺傳學,特彆是RNA堿基修飾,是近十年來迅速崛起的研究熱點。本篇將聚焦於RNA錶觀遺傳學的最新檢測技術,以及非編碼RNA在錶觀遺傳調控網絡中的關鍵作用。 RNA堿基修飾的檢測技術: MeRIP-seq(Methylated RNA Immunoprecipitation Sequencing): 用於檢測m6A(N6-甲基腺苷)等RNA甲基化修飾,是研究RNA甲基化功能的重要手段。本書將介紹其技術原理、優化方案以及數據分析的挑戰與機遇。 其他RNA堿基修飾的檢測方法: 隨著對其他RNA修飾(如m5C, pseudouridine, i6A等)的認識不斷深入,相應的檢測技術也層齣不窮。本書將介紹一些新興的、能夠針對不同RNA堿基修飾的特異性檢測方法,包括化學標記法、酶切法以及基於長讀長測序的直接檢測技術。 非編碼RNA(ncRNA)的鑒定與功能研究: 非編碼RNA,如長鏈非編碼RNA(lncRNA)和微小RNA(miRNA),在錶觀遺傳調控中扮演著日益重要的角色。本書將介紹用於ncRNA鑒定的高通量測序技術(如RNA-seq、GRO-seq、PRO-seq),以及通過CRISPR-Cas9等技術對ncRNA進行功能研究的策略。 lncRNA與染色質重塑復閤物的相互作用: 許多lncRNA能夠招募組蛋白修飾酶和染色質重塑因子,從而調控基因錶達。本書將探討多種研究lncRNA與蛋白質復閤物相互作用的技術,如RNA-IP(RIP-seq)、ChIRP-seq(Chromatin Isolation by RNA Purification)等。 miRNA在錶觀遺傳調控網絡中的作用: miRNA可以通過調控參與錶觀遺傳修飾的基因來影響基因錶達。本書將介紹如何利用基因編輯技術、過錶達和敲低實驗,以及生物信息學方法來揭示miRNA在錶觀遺傳調控中的精細機製。 應用與展望 本書的最後部分將整閤前述各項技術,探討錶觀遺傳學技術在前沿科學研究和臨床應用中的廣泛前景,包括: 疾病的錶觀遺傳學診斷與治療: 如何利用最新的錶觀遺傳學技術來識彆疾病標誌物,開發靶嚮錶觀遺傳調控的藥物,實現個體化精準醫療。 發育生物學與乾細胞研究: 揭示錶觀遺傳調控在細胞分化、器官發育以及多能性維持中的關鍵作用。 衰老與神經科學: 探索錶觀遺傳學變化在衰老過程中的作用,以及其在神經退行性疾病發病機製中的影響。 環境保護與毒理學: 評估環境因素如何通過錶觀遺傳修飾影響生物體的健康和後代。 《錶觀遺傳學技術前沿》旨在為讀者提供一個全麵、深入且麵嚮未來的知識圖譜,鼓勵創新性的研究設計,推動錶觀遺傳學領域在理論和應用上的飛躍發展。
這本書就像一部科幻小說,但它講的卻是真實存在於我們身體裏的“神秘力量”。我一直對那些能解釋疾病發生、發展機製的理論非常感興趣,而錶觀遺傳學恰好是連接基因和環境、基因和疾病的橋梁。書裏對癌癥、神經退行性疾病、心血管疾病等常見疾病的錶觀遺傳調控機製的解讀,讓我大開眼界。我瞭解到,很多時候,疾病的發生並不是因為基因本身的“壞”,而是因為基因的“開關”被錯誤地打開或關閉瞭。比如,在癌癥發生過程中,一些原本應該沉默的緻癌基因被激活,或者一些抑癌基因被沉默,而這些“開關”的改變,很多時候就是錶觀遺傳學的“傑作”。書中對不同疾病模型的研究案例的介紹,讓我看到瞭錶觀遺傳學在診斷和治療上的巨大潛力。雖然目前很多研究還處於基礎階段,但作者對未來發展方嚮的展望,讓我對精準醫療和個性化治療充滿瞭期待。這本書不僅解答瞭我對疾病根源的很多疑問,更讓我意識到,通過改變生活方式,比如保持健康飲食、適度運動、管理壓力,可能就是一種在“錶觀遺傳層麵”進行自我調控,預防疾病的有效途徑。