内容简介
生命是一个复杂的过程,“DNA-RNA-蛋白质”这一中心法则不能解释所有生命现象。表观遗传学是在这些例外的基础之上发展而成的,是基于非基因序列改变所致基因表达水平变化,如DNA甲基化和染色质重塑等。表观遗传学已经部分颠覆了我们对生物结构和行为方式的理解。《表观遗传学技术前沿》共分为七篇,主要内容涵盖DNA甲基化、组蛋自修饰、miRNA调控研究前沿和实验技术。在主要阐述了表观遗传学的基本知识的基础上,结合本领域国内外新科研成果,系统总结介绍了当前表观遗传学领域的前沿进展和新研究方法。
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目录
第一篇 表观遗传学概述及分析方法
第一章 表观遗传学概述
第二章 DNA甲基化分析方法
第三章 组蛋白修饰分析方法
第四章 非编码RNA相关分析方法
第二篇 基因表达检测
第五章 基因表达检测概述
第六章 基因表达检测方法
第一节 RT-PCR技术
第二节 荧光定量PCR技术
第三节 原位杂交技术
第四节 定点突变技术
第五节 基因芯片
第六节 启动子区活性分析
第三篇 miRNA检测技术
第七章 miRNA概述
第八章 miRNA检测技术概述
第一节 生物信息学
第二节 miRNA芯片技术
第三节 荧光定量PCR技术检测miRNA
第四节 荧光素酶活性检测技术
第九章 miRNA分析的应用
第四篇 蛋白质检测技术
第十章 蛋白检测概述
第十一章 蛋白检测技术概要
第一节 蛋白芯片技术
第二节 蛋白印迹技术
第三节 免疫荧光技术
第四节 免疫组化技术
第五节 ELISA技术
第六节 激光共聚焦技术
第五篇 DNA甲基化与组蛋白修饰检测
第十二章 DNA甲基化与组蛋白修饰概述
第十三章 DNA甲基化与组蛋白修饰方法概述
第一节 生物信息学分析
第二节 DNA甲基化检测——MSP法
第三节 DNA甲基化检测——焦磷酸测序法
第四节 DNA甲基化检测——DNA甲基化芯片技术
第五节 DNA甲基化检测——质谱技术
第六节 组蛋白甲基化检测
第七节 组蛋白乙酰化检测
第八节 组蛋白糖基化检测
第九节 组蛋白泛素化检测
第十节 组蛋白甲基化和组蛋白乙酰化位点特异性分析
第六篇 基因与蛋白相互作用检测
第十四章 基因与蛋白相互作用检测概述
第十五章 基因与蛋白相互作用检测方法概述
第一节 生物信息学时代
第二节 ChIP技术
第三节 DNaseⅠ足迹实验
第四节 甲基化干扰试验
第五节 电泳迁移率变动实验
第六节 Southern印迹杂交
第七节 表面等离子共振
第八节 酵母单杂交系统
第九节 噬菌体展示技术
第十节 核酸适体技术
第十一节 拉下实验
第七篇 蛋白质与蛋白质相互作用
第十六章 蛋白与蛋白相互作用概述
第十七章 蛋白与蛋白相互作用检测方法概述
第一节 生物信息学软件预测
第二节 染色质免疫共沉淀
第三节 印迹叠加或Far-Westem印迹
第四节 GST融合蛋白纯化技术
第五节 羟基蛋白质足迹法
第六节 细菌双杂交系统
第七节 酵母双杂交技术
第十八章 蛋白质与蛋白质相互作用应用
参考文献
《表观遗传学技术前沿》 内容简介 《表观遗传学技术前沿》是一部深入探讨表观遗传学研究领域最新技术进展的权威著作。本书聚焦于推动表观遗传学跨越式发展的关键方法学,为科研人员、临床医生以及对生命科学前沿充满好奇的读者提供了系统、前瞻性的知识框架。 本书共分为三大核心篇章,层层递进地揭示了表观遗传学研究的广度和深度。 第一篇: DNA甲基化与去甲基化的前沿技术 DNA甲基化作为最经典的表观遗传学标记,其检测和分析技术在不断革新。本篇首先回顾了经典的DNA甲基化分析方法,如亚硫酸氢盐测序(Bisulfite Sequencing),并重点阐述了近年来涌现的新型高通量、高精度技术。 单细胞DNA甲基化测序(sc-DNA methylation sequencing): 突破了组织层面平均化的限制,实现了对单个细胞DNA甲基化的全基因组分析,为理解细胞异质性、发育过程中的动态变化以及肿瘤微环境中的表观遗传调控提供了前所未有的视角。本书将详细介绍其原理、实验流程、数据分析策略及其在疾病诊断和治疗中的潜在应用。 靶向DNA甲基化测序(Targeted DNA methylation sequencing): 针对特定基因或区域进行高深度的甲基化分析,能够有效降低成本,提高效率,尤其适用于验证性研究和大规模队列研究。书中将探讨多种靶向测序策略,包括基于PCR的扩增方法和CRISPR-Cas9介导的靶向富集技术。 长读长DNA甲基化测序(Long-read DNA methylation sequencing): 结合PacBio、Oxford Nanopore等长读长测序技术的优势,实现了在单分子水平上同时检测DNA序列和甲基化状态,能够解决短读长测序难以跨越的重复区域和复杂的基因组结构问题,为全基因组甲基化图谱的绘制提供了可能。 非亚硫酸氢盐依赖性甲基化检测技术: 随着研究的深入,一些无需亚硫酸氢盐处理的新型技术应运而生,它们在简化实验流程、减少DNA损伤方面具有显著优势,如化学修饰酶法、酶切法等。本书将对这些新兴技术进行详细的介绍和比较。 在DNA去甲基化方面,本书也将探讨相关技术的最新进展,包括去甲基化酶的活性检测、去甲基化通路的研究方法等。 第二篇:组蛋白修饰与染色质可及性的精准解析 组蛋白修饰是影响基因转录活性的关键因素,而染色质的可及性则决定了转录因子和调控元件能否结合DNA。本篇将深入剖析一系列尖端技术,用于精准解析组蛋白修饰和染色质结构。 ChIP-seq(Chromatin Immunoprecipitation Sequencing)的优化与发展: 在经典ChIP-seq技术的基础上,本书将介绍如何通过改进抗体质量、优化实验条件、开发新型富集策略(如ATAC-seq、CUT&RUN、CUT&Tag等)来提高实验的灵敏度、特异性和分辨率。 ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing): 一种无需抗体即可检测开放染色质区域的技术,具有实验简便、细胞用量少等优点,在单细胞水平上的应用也日益广泛。 CUT&RUN(Cleavage Under Targets and Release Using Nuclease)与 CUT&Tag(Cleavage Under Targets and Tagmentation): 这些技术利用了特定的酶(如MNase、T7 DNA聚合酶)将识别的DNA片段释放或标记,可以实现比ChIP-seq更高的信号噪声比和更低的背景,尤其适用于稀有细胞群体的研究。 单细胞组蛋白修饰与染色质可及性分析: 紧随单细胞技术的热潮,本书将详细介绍如何运用单细胞ATAC-seq(scATAC-seq)、单细胞ChIP-seq(scChIP-seq)等技术,揭示细胞群体内的表观遗传异质性,追踪细胞谱系发育过程中染色质状态的动态变化。 Hi-C及相关技术在染色质三维结构研究中的应用: 染色质的三维构象对其基因调控功能至关重要。本书将介绍Hi-C技术及其衍生技术(如TAD-seq、PLAC-seq等),用于绘制全基因组的染色质接触图谱,并结合组蛋白修饰和DNA甲基化数据,深入理解基因调控区域(如增强子、启动子)的相互作用以及三维基因组结构的改变如何影响基因表达。 新兴的组蛋白修饰谱检测技术: 除了常用的ChIP-seq,本书还将介绍一些能够同时检测多种组蛋白修饰的方法,以及用于鉴定新型组蛋白修饰的策略。 第三篇: RNA表观遗传学与非编码RNA的调控机制 RNA表观遗传学,特别是RNA碱基修饰,是近十年来迅速崛起的研究热点。本篇将聚焦于RNA表观遗传学的最新检测技术,以及非编码RNA在表观遗传调控网络中的关键作用。 RNA碱基修饰的检测技术: MeRIP-seq(Methylated RNA Immunoprecipitation Sequencing): 用于检测m6A(N6-甲基腺苷)等RNA甲基化修饰,是研究RNA甲基化功能的重要手段。本书将介绍其技术原理、优化方案以及数据分析的挑战与机遇。 其他RNA碱基修饰的检测方法: 随着对其他RNA修饰(如m5C, pseudouridine, i6A等)的认识不断深入,相应的检测技术也层出不穷。本书将介绍一些新兴的、能够针对不同RNA碱基修饰的特异性检测方法,包括化学标记法、酶切法以及基于长读长测序的直接检测技术。 非编码RNA(ncRNA)的鉴定与功能研究: 非编码RNA,如长链非编码RNA(lncRNA)和微小RNA(miRNA),在表观遗传调控中扮演着日益重要的角色。本书将介绍用于ncRNA鉴定的高通量测序技术(如RNA-seq、GRO-seq、PRO-seq),以及通过CRISPR-Cas9等技术对ncRNA进行功能研究的策略。 lncRNA与染色质重塑复合物的相互作用: 许多lncRNA能够招募组蛋白修饰酶和染色质重塑因子,从而调控基因表达。本书将探讨多种研究lncRNA与蛋白质复合物相互作用的技术,如RNA-IP(RIP-seq)、ChIRP-seq(Chromatin Isolation by RNA Purification)等。 miRNA在表观遗传调控网络中的作用: miRNA可以通过调控参与表观遗传修饰的基因来影响基因表达。本书将介绍如何利用基因编辑技术、过表达和敲低实验,以及生物信息学方法来揭示miRNA在表观遗传调控中的精细机制。 应用与展望 本书的最后部分将整合前述各项技术,探讨表观遗传学技术在前沿科学研究和临床应用中的广泛前景,包括: 疾病的表观遗传学诊断与治疗: 如何利用最新的表观遗传学技术来识别疾病标志物,开发靶向表观遗传调控的药物,实现个体化精准医疗。 发育生物学与干细胞研究: 揭示表观遗传调控在细胞分化、器官发育以及多能性维持中的关键作用。 衰老与神经科学: 探索表观遗传学变化在衰老过程中的作用,以及其在神经退行性疾病发病机制中的影响。 环境保护与毒理学: 评估环境因素如何通过表观遗传修饰影响生物体的健康和后代。 《表观遗传学技术前沿》旨在为读者提供一个全面、深入且面向未来的知识图谱,鼓励创新性的研究设计,推动表观遗传学领域在理论和应用上的飞跃发展。
这本书给我最深刻的感受是,它让我看到了生命科学领域里,那些“看不见”的细节是如何深刻地影响着“看得见”的生命现象。我之前对基因组学、蛋白质组学这些领域有所了解,觉得它们已经很厉害了,但这本书让我知道,原来在DNA序列之外,还有这么一套精密的“注释系统”在默默工作。书里对各种表观遗传标记,如DNA甲基化、羟甲基化、各种组蛋白修饰的详细介绍,让我对这些“标记”的生物学意义有了全新的理解。我了解到,这些标记不仅仅是简单的化学改变,它们背后有着复杂的识别蛋白和调控网络,能够精确地读取、响应甚至传递这些信号。书中对单细胞表观遗传学技术的发展的介绍,更是让我看到了技术进步如何以前所未有的精度揭示细胞间的异质性和动态变化。这种对细节的深入挖掘,让我对生命体的复杂性和精妙性有了更深的敬畏。它像是在给我上一堂关于“生命语言”的进阶课程,让我明白,要真正理解生命,光看“文字”是不够的,还需要读懂那些隐藏在文字背后的“语气”和“语调”。