內容簡介
生物標誌物的發現對於疾病的早期診斷、治療反應的監測,以及臨床結果的預測等臨床和醫療環境的多個領域具有重要的價值。如何在復雜的生物基質中發現有足夠靈敏度和特異性的特定生物標誌物,對分析技術提齣瞭巨大挑戰。HaleemJ.Issaq和TimothyD.Veenstra博士編寫的《蛋白質組學和代謝組學途徑的生物標誌物發現》是對生物標誌物發現技術的概述,主要介紹瞭基於蛋白質組學和代謝組學等“組學”技術開展的生物標誌物發現研究,對整體實驗設計、樣品製備、分析技術和生物信息學分析的發展進行瞭全麵係統的介紹,同時結閤瞭生物標誌物的驗證過程以及在臨床中的應用實例。
《蛋白質組學和代謝組學途徑的生物標誌物發現》可以作為發現和驗證新生物標誌物的工具書,為相關科研工作者、本科生和研究生,以及那些有興趣尋找疾病生物標誌物的讀者提供指導。也可為生物標誌物的應用提供幫助,使讀者全麵係統地瞭解國內外生物標誌物的研究現狀和發展趨勢。
內頁插圖
目錄
譯者序
前言
作者名單
第1章 生物標誌物的發現:實驗設計和實施
1.1 引言
1.2 定義
1.3 生物標誌物發現的現狀
1.4 實驗設計和實施
1.5 實驗設計過程的差錯
1.6 實驗實施過程的誤差
1.7 蛋白質生物標誌物的特異性
1.8 數據統計分析
1.9 建議
1.1 0結論和展望
緻謝
參考文獻
第2章 基於蛋白質組學和質譜技術的生物標誌物的發現
2.1 引言
2.2 蛋白質生物標誌物的發現和發展原則
2.3 蛋白質組學樣品製備
2.4 蛋白質的質譜鑒定
2.5 翻譯後修飾疾病生物標誌物
2.6 蛋白質的質譜定量分析
2.7 生物標誌物的確認
2.8 生物標誌物的驗證
2.9 基於質譜的蛋白質生物標誌物發現的局限性
2.10 結論和展望:整閤的生物標誌物發現平颱
參考文獻
第3章 蛋白質組學分析組織樣本前處理方法
3.1 引言
3.2 基於質譜的蛋白質組學研究可使用的組織樣本類型
3.3 組織樣本裂解/均質化
3.4 萃取
3.5 結論
緻謝
參考文獻
第4章 代謝組學中生物體液和組織樣本前處理技術
4.1 引言
4.2 代謝組學中理想的樣本前處理技術
4.3 生物體液樣本前處理方法
4.4 組織樣本代謝組學
4.5 代謝組學中樣本前處理新發展趨勢
4.6 結論和展望
緻謝
參考文獻
第5章 血樣樣本采集:分析前變量和標準操作規程
5.1 引言
5.2 分析前變量的重要性
5.3 標準操作規程
5.4 樣本選擇原則
5.5 人血液樣本及其成分
5.6 其他生物樣本
5.7 血源性病原體,全麵性防護措施和安全性
5.8 受試者保護
5.9 結論
參考文獻
第6章 基於核磁共振的生物標誌物發現方法
6.1 引言:為什麼使用核磁共振?
6.2 核磁共振硬件進展
6.3 核磁共振分析的樣品前處理
6.4 一維核磁共振方法:氫譜、碳譜和磷譜
……
第7章 在不分餾的情況下使用數據獨立采集的質譜擴展檢測動態範圍
第8章 基於氣相色譜/質譜的代謝組學研究
第9章 基於液相色譜/質譜的代謝組學研究
第10章 基於毛細管電泳/質譜的蛋白質組學和代謝組學研究
第11章 凝膠電泳法在低豐度蛋白標誌物篩查中的應用進展
第12章 基於二維差異凝膠電泳途徑的生物標誌物發現
第13章 基於親和定嚮實驗的生物標誌物發現
第14章 微波輔助天鼕氨酸選擇性蛋白酸水解
第15章 生物標誌物發現的樣本消耗、分級分離和富集
第16章 蛋白和代謝物的鑒定
第17章 疾病相關蛋白質生物標誌物的定量蛋白質組學發展
第18章 基於質譜和核磁共振的定量代謝組學
第19章 代謝組學和蛋白質組學數據的多元分析
第20章 用於蛋白質分子診斷和生物標誌物發現的自上而下的質譜技術
第21章 蛋白-蛋白交互網絡在潛在生物標誌物識彆和錶徵中的作用
第22章 反相蛋白芯片技術:臨床研究領域進展
第23章 自身抗體和生物標誌物的發現
第24章 微小核糖核酸及生物標誌物的發現
第25章 組織中完整生物分子的質譜成像
第26章 基於質譜的蛋白質生物標誌物的確認方法
第27章 用於生物標誌物發現的代謝物質譜數據處理
第28章 分析方法和生物標誌物的驗證
索引
前言/序言
尋找一個生物標誌物就像是大海撈針,甚至猶有過之。有時在生物體液和組織中搜尋蛋白質或代謝生物標誌物,其結果往往不是一個化閤物,而是多個化閤物。雖然過去十年間人們付齣瞭很多努力,卻僅有為數不多的生物標誌物得以識彆,且部分生物標誌物的靈敏度和特異性還不能滿足需要。這是由於有時樣本不純,采集、存儲和識彆也不太規範。此外,樣本和對照的數量很少,且性彆、年齡和種族不同。所使用的分析技術既沒有經過優化,也沒有製定或遵循標準操作規程。除瞭先進的設備以外,生物標誌物的識彆還需要醫生、分析化學傢、技術人員、病理學傢和統計學傢的參與。
伴隨著高通量基因測序帶來的數據快速增長,科學傢轉嚮蛋白質和代謝物檢測隻是一個時間問題。顯然,蛋白質組學發展較早,目前也比代謝組學更成熟。然而,代謝組學在過去十年間也從蛋白質組學帶來的巨大技術進步中受益。這些技術進步主要是在質譜(MS)和核磁共振譜(NMR)方麵所取得的。從本書的相關主題可以看齣,MS是同時推動蛋白質組學和代謝組學發展的主要技術。進行成功的蛋白質組學和代謝組學研究不僅僅要擁有最先進的MS或者NMR。本書的大部分章節聚焦於樣品進入儀器分析之前發生瞭什麼。樣品製備仍然是蛋白質組學和代謝組學最活躍的研究領域之一。考慮到蛋白質組學和代謝組學研究分析的分子的多樣性,樣品製備領域的研究也是必要的。
在蛋白質組學中,目標分子化學性質的多樣性可通過將完整的蛋白質水解成肽而最小化。雖然不是所有的肽都具有相同的物理化學性質,但其性質(體積、疏水性、等電點等)多樣性仍比完整蛋白質小得多。不幸的是,目前還沒有任何方法可以使生物體液和細胞中發現的全部代謝物的多樣性最小化。鑒於在優化靶嚮分析試驗中特定代謝物的提取、分離和儀器條件等方麵所付齣的努力,尋找可分析全代謝物組的最佳條件所麵臨的挑戰是顯而易見的。因此,樣品製備和篩分復雜代謝物的方法已經變得越來越重要,本書中的若乾章節將直接解決這個問題。
蛋白質組學和代謝組學樣品製備、分析技術和生物信息學分析的發展對於發現特定的生物標誌物至關重要。誠然,實現這一目標並不像十年前預測的那麼容易;然而,過去十年間技術的發展使得我們離目標比以往任何時候都更接近。
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