　　《生物信息學（第2版）》教材仍堅持“三基”、“五性”原則，並力求在內容和形式上有所創新。使教材具備相對係統、全麵的生物信息學知識體係；突齣實用性，以臨床實際問題作為編寫齣發點；簡化算法流程，突齣應用軟件和網絡資源；貼閤前沿技術、方法，增加國內外研究熱點知識；主要培養長學製學生運用生物信息學方法解決臨床問題、進行科研設計的能力。
　　《生物信息學（第2版）》精簡基礎內容，閤並上一版內容相近或有較大關聯的章節；結閤實際應用，增加前沿新知識、新技術章節。全書共分為三篇十五章。第一篇生物信息學基礎，含DNA、RNA和蛋白質序列信息資源、序列比對、序列特徵分析、分子進化分析、基因芯片數據分析五章，均係生物醫學相關領域發展過程中形成的基礎生物信息數據及分析方法，閤並第一版“雙序列比對”、“多序列比對”兩章為“序列比對”，閤並“序列特徵分析”、“錶達序列分析”兩章為“序列特徵分析”；第二篇功能基因組信息學，含蛋白質組與蛋白質結構分析、基因注釋與功能分類、轉錄調控的信息學分析、生物分子網絡與通路和計算錶觀遺傳學五章，均係功能基因組研究中頗具特色的生物信息學方法，閤並第一版“蛋白質分析與蛋白質組學”、“蛋白質結構分析”兩章為“蛋白質組與蛋白質結構分析”；第三篇生物信息學與人類復雜疾病，含復雜疾病的分子特徵與計算分析、非編碼RNA與復雜疾病、新一代測序技術與復雜疾病、藥物生物信息學、生物信息學相關學科進展五章，均係近年發展起來的與復雜疾病有關的重要生物信息學方法，新增非編碼RNA與復雜疾病的生物信息學研究、新一代測序、“組學”研究等前沿熱點。

作者簡介

　　李霞，博士、教授、博士研究生導師，哈爾濱醫科大學生物信息科學與技術學院院長，龍江學者特聘教授，北京“百韆萬人纔工程”入選者，享受國務院特殊津貼。從事生物信息學、計算係統生物學等本科、研究生教學工作30餘年，主持創建的我國領先生物信息學人纔培養和教育教學體係成為全國生物信息學教育模闆，培養瞭大批既具有紮實生物醫藥知識，又具有很強理工科學思維和實踐能力的現代緊缺人纔，為推動我國生物醫學教育和科技發展做齣瞭突齣貢獻，先後獲得黑龍江省教學名師、優秀中青年專傢、優秀科技工作者、優秀共産黨員等榮譽稱號。李霞教授是我國重大疾病生物信息學與計算係統生物學研究的開創者之一，在復雜疾病治療靶標與風險標誌物篩選、重大疾病通路重構與子網識彆、非編碼基因（RNA）介導的疾病發生機理研究、新一代測序技術與復雜疾病分析、麵嚮轉化醫學的重大疾病分析平颱構建等領域做齣瞭開創性的研究工作，科研成果處於國內前列。主持國傢863課題、973課題、國傢自然科學基金重大研究計劃等國傢級課題15項，於國際著名學術期刊發錶高水平SCI論文130餘篇，榮獲中華醫學科技奬、黑龍江省政府科技奬、中國女醫師協會基礎醫學科技奬等科研奬勵20餘項。
　　
　　雷健波，美國生物醫學信息學博士。華西醫科大學臨床醫學畢業，原北京協和醫院臨床醫生，獲美國哥倫比亞大學工程學院計算機碩士（M.S）和醫學院生物醫學信息學碩士（M.A.），美國德州大學醫學部生物醫學信息學博士（PhD），現任北京大學醫學信息學中心副教授，碩士生導師。獨特的國內外跨學科（臨床，計算機，醫學信息學）的學習、研究和工作背景，主持過國內新一代電子病曆（EMR），醫院信息係統（HIS），臨床路徑（CP）的開發，以及用於新藥創製的國傢級臨床和標本資源庫的建設等。2010年4月以人纔引進到北京大學，創立北京大學醫學信息學中心，任代主任，常務副主任，負責創建新學科“醫學信息學”。主要的研究領域包括：電子病曆係統和個人健康檔案、臨床決策支持、醫學自然語言處理、移動醫療、健康信息搜索和消費者健康信息學、移動醫療、醫療衛生大數據、醫療信息係統易用性等。現任歐美同學會留美分會副會長，中國衛生信息學會衛生信息學教育專業委員會副主委，全國高等醫藥教材建設研究會“十二五”規劃本科教材《衛生信息學概論》主編等。

緒論
第一節生物信息學的興起
第二節生物信息學的內涵及其在生命科學中的應用
一、生物信息學的內涵
二、生物信息學在現代生物醫學中的應用
第三節大數據時代的生物信息學與醫學
一、人類基因組計劃
二、組學與生物信息學
三、大數據時代的生物信息學與醫學

第一篇生物信息學基礎
第一章生物序列資源
第一節引言
第二節 NCBI數據庫與數據資源
一、NCBI序列數據庫概述
二、NCBI中的重要子庫介紹
第三節 UCSC基因組瀏覽器與數據資源
一、UCSC概述
二、UCSC基因組瀏覽器
三、UCSC中的數據資源和常用工具
第四節 EMBL-EBI數據庫與數據資源
一、EMBL-EBI數據庫概況
二、EMBL基因組和核酸序列資源
三、UniProt蛋白質數據資源
四、Biomart數據檢索平颱
第五節重要的非編碼基因數據庫
一、ENCODE數據庫與數據資源
二、microRNA數據資源miRBase
小結
第二章序列比對
第一節引言
一、同源、相似與距離
二、相似與距離的定量描述
三、算法實現的比對
四、序列比對的作用
第二節比對算法概要
一、替換計分矩陣
二、雙序列全局比對
三、雙序列局部比對
四、多序列全局比對
五、多序列局部比對
六、比對的統計顯著性
第三節數據庫搜索
一、經典BLAST
二、衍生BLAST
三、BLAT
四、RNA序列搜索
五、數據庫搜索的統計顯著性
第四節比對軟件、參數與數據資源
一、參數選擇的一般原則
二、主要比對軟件
三、EBI中的序列比對工具
四、UCSC中的BLAT比對工具
第五節比對技術的發展
—、glocal比對
二、全基因組比對
小結
……
第三章序列特徵分析
第四章分子進化分析
第五章基因錶達數據分析

第二篇功能基因組信息學
第六章蛋白質組與蛋白質結構分析
第七章基因注釋與功能分類
第八章轉錄調控的信息學分析
第九章生物分子網絡與通路
第十章計算錶觀遺傳學

第三篇生物信息學與人類復雜疾病
第十一章復雜疾病的分子特徵與計算分析
第十二章非編碼RNA與復雜疾病
第十三章新一代測序技術與復雜疾病
第十四章藥物生物信息學
第十五章生物信息學相關學科進展
中英文名詞對照索引
英中文名詞對照索引
緻謝